免疫共沉淀注意的問題

(1)確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的，而并非外源非特異蛋白，單克隆抗體的使用有助于避免污染的發生。

(2) 要確保抗體的特異性，即在不表達抗原的細胞溶解物中添加抗體后不會引起共沉淀。

(3) 確定蛋白間的相互作用是發生在細胞中，而不是由于細胞的溶解才發生的，這需要進行蛋白質的定位來確定。

注意的問題：

(1)細胞裂解采用溫和的裂解條件，不能破壞細胞內存在的所有蛋白質-蛋白質相互作用，多采用非離子變性劑(NP40或Triton X-100)。每種細胞的裂解條件是不一樣的，通過經驗確定。不能用高濃度的變性劑(0.2%SDS)，細胞裂解液中要加各種酶抑制劑，如商品化的cocktailer。

(2)使用明確的抗體，可以將幾種抗體共同使用。

(3)使用對照抗體：

單克隆抗體：正常小鼠的IgG或另一類單抗

兔多克隆抗體：正常兔IgG

免疫共沉淀實驗流程

(1)轉染后24-48 h 可收獲細胞，加入適量細胞裂解緩沖液(含蛋白免疫共沉淀酶抑制劑)，冰上裂解30min, 細胞裂解液于4°C， 轉速離心30 min后取上清。

(2)取少量裂解液以備Western blot分析，剩余裂解液加1μg相應的抗體加入到細胞裂解液，4°C緩慢搖晃孵育過夜。

(3)取10 μl protein A 瓊脂糖珠，用適量裂解緩沖液洗3 次，每次3 000 rpm離心3 min。

(4)將預處理過的10 μl protein A 瓊脂糖珠加入到和抗體孵育過夜的細胞裂解液中4°C緩慢搖晃孵育2-4h，使抗體與protein A瓊脂糖珠偶連。

(5)免疫沉淀反應后，在4°C 以3 000 rpm 速度離心3 min，將瓊脂糖珠離心至管底;將上清小心吸去，瓊脂糖珠用1 ml 裂解緩沖液洗3~4次;最后加入15 μl 的2×SDS 上樣緩沖液，沸水煮5分鐘。

(6)SDS-PAGE， Western blotting或質譜儀分析。

免疫共沉淀缺點

(1)可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質-蛋白質相互作用;

(2)兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用;

(3)必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。

免疫共沉淀優點

(1)相互作用的蛋白質都是經翻譯后修飾的，處于天然狀態;

(2)蛋白的相互作用是在自然狀態下進行的，可以避免人為的影響;

(3)可以分離得到天然狀態的相互作用蛋白復合物。